২০০২ সালে আমির তাঁর প্রথম স্ত্রী রিনা দত্তের সঙ্গে বিবাহবিচ্ছেদ করেন। তারপর ২০০৫ সালে পরিচালক কিরণ রাওকে বিয়েও করেন আমির। লগান ছবির শুটিং ফ্লোরেই কিরণ রাওয়ের সঙ্গে আমিরের আলাপ। এই ছবিতে কিরণ রাও ছিলেন সহপরিচালক। আমির ও কিরণের একটি সন্তানও রয়েছে। ২০১১ সালে সারোগেসির মধ্যে দিয়ে বাবা হন আমির খান।